2型牛病毒性腹瀉病毒新亞型BVDV-2e的發(fā)現

2023-03-13 09:39:51

牛的瘟病毒包括A型瘟病毒(1型牛病毒性腹瀉病毒,BVDV-1)、B型瘟外鐵病毒(2型牛病毒性腹瀉病毒,BVDV-2)線雪和H型瘟病毒(HoBi樣(yàng)瘟病毒,HoBiP如可eV)等幾種(zhǒng)。迄今爲止,通過(guò)系統發(fā)是冷育分析,BVDV-2的分離株已被(bèi)少物分爲三個亞型(a-c),并根據5’非翻譯區上好(UTR)二級結構提出了一個額外匠光的亞型(d)。在之前的一項研究中,我們在Ge花能nBank數據庫中發(fā)現了一些BVDV-2序列,通過(guò)對(d開他uì)其基因組、UTR或單個基因的系統發(fā)育我裡分析,認爲這(zhè)些序列不能(néng)歸類爲a-c亞型。我們討地又對(duì)這(zhè)些序列進雨音(jìn)行了詳細的研究,并評估它們見弟是否可能(néng)代表不同的BVDV喝銀-2亞型。最初,我們從GenBank收集了85個BVDV-2完整/接近完整店哥的基因組(CNCG),并進(jìn)聽內行了基于CNCG和開(kāi)放閱讀框(ORF)的系統發(fā)育身事分析“等效性證明”,這(zhè)表對票明ORFs可以可靠地作爲BVDV-2系統發(fā)育的參考目标,使我們的數據集慢輛增加到139條序列。其中,我們發(fā)現了7個不能(néng)歸類爲書樂BVDV-2a-c的序列。在CNCG和病毒基因的系統發(fā)育分析中也遠厭觀察到了同樣(yàng)的結果。白紙此外,七個非BVDV-2a-c序列在所有系統發(fā)育樹中形成要鐵(chéng)了一個獨特的簇,我們音花建議將(jiāng)其命名爲BVDV-2e。與BVDV-2a-c相比,B刀錯VDV-2e還(hái)顯示了44個氨基酸的變化,其中20個位少懂于明确的位置。重要的是,包括BVDV-2d在内的額外系統發(fā關書)育分析以及BVDV-2e和BVDV-2d序列的成(chéng)對(d家弟uì)比較也支持了這(zhè)些亞型之間姐你的差異。最後(hòu),我們建議將(jiāng)BV也亮DV-2e識别爲一種(zhǒng)獨特的BVDV-2亞型,他水并鼓勵將(jiāng)其納入未來的系統發(f她姐ā)育分析中,以了解其分布和進(jìn)化。

原文鏈接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov的喝/36104508/